Protisten sind extrem divers, ihre Diversität ist bislang jedoch nur wenig untersucht. Obwohl mikrobielle Organismen die Basis allen Lebens darstellen und das Funktionieren von Ökosystemen sichern, gilt die meiste Aufmerksamkeit doch denjenigen Organismen, die man mit bloßem Auge sehen kann. Somit sind die Lebensweise und Diversität, sowie die funktionelle Differenzierung einzelliger Eukaryoten kaum bekannt. Ebenso sind viele ökologische Hypothesen für Protisten bislang nicht getestet. Das Ausmaß protistischer Diverstät und dessen Bedeutung für Ökosysteme ist weitgehend unverstanden. Die Aufklärung protistischer Diversität verlangt idealerweise eine Herangehensweise, die Alpha-Taxonomie, Phylogenetik, Phylogeographie und molekulare Diversität ebenso wie funktionelle und physiologische Diversität umfasst. Die vorliegende Arbeit wendet diese breite interdisziplinäre Herangehensweise an, um die Biodiversität von Protisten zu untersuchen. Kleine farblose Flagellaten gehören zu den problematischsten Protisten, da sie kaum markante morphologische Merkmale aufweisen und somit eine sichere Identifikation von Arten fragwürdig wird. Solche kleinen Flagellaten, insbesondere innerhalb der Chrysophyceen, sind daher ein folgerichtiger Anfangspunkt für die Untersuchung der Diversität von Protisten. In der detaillierten Untersuchung kryptischer Diversität innerhalb der kleinen, heterotrophen, farblosen Chrysophyceen zeige ich in dieser Arbeit die vorhandene Polyphylie in dieser Gruppe von Organismen auf und lege damit die Grundlage, ihre wahre Diversität in Feldstudien anhand molekularer Signaturen zu erforschen. Im Weiteren wird die Untersuchung der Verbreitungsmuster von Protisten in Diversitätsstudien meist durch zu wenige oder nur unzusammenhängende Probenahmestellen verhindert. In dieser Arbeit kann ich jedoch basierend auf einem der größten Probensets europäischer Protistengemeinschaften zeigen, dass verschiedene Großgruppen innerhalb der Protisten in verschiedenen Habitattypen unterschiedliche Verteilungsmuster aufweisen. Und nicht zuletzt wirft die enorme Diversität innerhalb der Protisten auch die Frage von Koexistenz und potentieller funktioneller Differenzierung auf. Ich wende mich diesem letzten Aspekt mit Hilfe einer metatranskriptomischen Herangehensweise zu, die den Grad funktioneller Redundanz innerhalb von Protistengemeinschaften aufdeckt. Damit kann ich in dieser Arbeit Protistendiversität in unterschiedlichen Aspekten auflösen: angefangen von der Artabgrenzung zwischen Protisten bis hin zu großskaligen Diversitäts- und Verbreitungsmustern und weiter zur funktionalen Rolle und Differenzierung von Protisten in Ökosystemen.