Partielle 16S rDNA-Sequenzanalyse zur Identifizierung von Pseudomonaden und anderen medizinisch relevanten Nonfermentern

Pseudomonaden und andere Nonfermenter (NF) sind vor allem bei immunsupprimierten Patienten häufige Infektionserreger und bereiten oft Schwierigkeiten in der konventionellen phänotypischen Diagnostik. In der vorliegenden Arbeit wurde daher für die NF-Identifizierung die kulturunabhängige partielle 16...

Verfasser: Siebeneck, Mareike
Weitere Beteiligte: Harmsen, Dag (Gutachter)
FB/Einrichtung:FB 05: Medizinische Fakultät
Dokumenttypen:Dissertation/Habilitation
Medientypen:Text
Erscheinungsdatum:2008
Publikation in MIAMI:29.04.2008
Datum der letzten Änderung:21.03.2023
Angaben zur Ausgabe:[Electronic ed.]
Schlagwörter:Pseudomonas; Nonfermenter; Sequenzierung; Datenbank; rDNA; 16S; RIDOM
Fachgebiet (DDC):610: Medizin und Gesundheit
Lizenz:InC 1.0
Sprache:Deutsch
Format:PDF-Dokument
URN:urn:nbn:de:hbz:6-95539380409
Permalink:https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-95539380409
Onlinezugriff:diss_siebeneck.pdf

Pseudomonaden und andere Nonfermenter (NF) sind vor allem bei immunsupprimierten Patienten häufige Infektionserreger und bereiten oft Schwierigkeiten in der konventionellen phänotypischen Diagnostik. In der vorliegenden Arbeit wurde daher für die NF-Identifizierung die kulturunabhängige partielle 16S rDNA-Gensequenzierung untersucht. Es wurde die 5´-Region der 16S ribosomalen DNA (E. coli Position 54 bis 510) sequenziert und eine Referenzsequenzdatenbank basierend auf insgesamt 76 Pseudomonas-Spezies und 48 humanmedizinisch relevanten NF-Spezies im Rahmen des Ribosomal Identification of Microorganisms (RIDOM)-Projektes etabliert. Anschließend wurde diese Referenzdatenbank mit GenBank und der kommerziellen MicroSeq 500-Datenbank verglichen. Insgesamt konnte gezeigt werden, dass die partielle 16S rDNA-Sequenzierung in den meisten Fällen eine eindeutige kulturunabhängige Identifizierung von Nonfermentern ermöglicht und RIDOM im Abgleich mit bestehenden Datenbanken sehr gut abschneidet.