Die Lippen-Kiefer-Gaumen-Segelspalten (LKGS-Spalten) zählen zu den zweithäufigsten angeborenen Fehlbildungen des Menschen. Eine Methode, ihrer Entstehung vorzubeugen, existiert bisher nicht, da die kausale Spaltgenese – vor allem die der nichtsyndromalen LKGSSpalten – noch nicht ausreichend geklärt ist. Man geht von einem Zusammenspiel aus Umwelteinflüssen und genetischen Faktoren aus, wobei die genetische Komponente eine größere Rolle zu spielen scheint. Weltweit befassen sich zahlreiche Forschungsgruppen mit der Frage nach der kausalen Genese von nichtsyndrom-assoziierten LKGS-Spalten. Ihr Augenmerk gilt einer Anzahl von Genen, die für die Entstehung der isolierten LKGS-Spalten ursächlich zu sein scheinen. Ein bereits vielfach erforschtes Gen ist MSX1. Versuche an transgenen Mäusen zeigten u. a. eine Mitbeteiligung dieses Gens an der Bildung des Viscerocraniums und des Zahnsystems. Weiterhin wurde in zahlreichen Humanstudien (Assoziations-, Kopplungs- und Mutationsanalysen) ein möglicher Zusammenhang dieses Gens an der Bildung von nichtsyndromalen LKGS-Spalten aufgezeigt. MSX1 ist auf dem kurzen Arm des Chromosoms 4 lokalisiert und weist einen CA-Dinucleotid-Repeat mit vier Allelen auf. Diese Markerallele waren jedoch nicht in allen Studien gleich: Padanilam et al. (1992) erhielten in ihrer Analyse die Allele 169 bp, 171 bp, 173 bp und 175bp, während Schmidt et al. (2007) die Allele 171 bp, 173 bp, 175 bp und 177 bp nachweisen konnten. In einigen Studien (klassische Fall-Kontroll-Studien und familienbasierte Assoziationsstudien) wurde nach signifikanten Unterschieden in der Häufigkeitsverteilung dieser vier Markerallele zwischen Spaltträgern und gesunden Kontrollpersonen geforscht. Leitgedanke war hierbei, dass ein signifikanter Unterschied in der Häufigkeitsverteilung eines Allels die Schlussfolgerung zuließe, dass dieses für eine Spaltbildung prädisponiert. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen waren jedoch nicht einheitlich, in einigen Analysen konnten signifikante Unterschiede nachgewiesen werden, in anderen dagegen nicht.