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Can we use it? On the utility of de novo and reference-based assembly of Nanopore data for plant plastome sequencing

URN zum Zitieren dieses Dokuments:
urn:nbn:de:bvb:355-epub-430986
DOI zum Zitieren dieses Dokuments:
10.5283/epub.43098
Scheunert, Agnes ; Dorfner, Marco ; Lingl, Thomas ; Oberprieler, Christoph
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Lizenz: Creative Commons Namensnennung 4.0 International
PDF - Veröffentlichte Version
(1MB)
Veröffentlichungsdatum dieses Volltextes: 22 Apr 2020 15:17



Zusammenfassung

The chloroplast genome harbors plenty of valuable information for phylogenetic research. Illumina short-read data is generally used for de novo assembly of whole plastomes. PacBio or Oxford Nanopore long reads are additionally employed in hybrid approaches to enable assembly across the highly similar inverted repeats of a chloroplast genome. Unlike for PacBio, plastome assemblies based solely on ...

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