The major genetic determinants of HIV-1 control affect HLA class I peptide presentation.

Details

Ressource 1Download: BIB_7DB03A4B1733.P001.pdf (1610.82 [Ko])
State: Public
Version: author
Serval ID
serval:BIB_7DB03A4B1733
Type
Article: article from journal or magazin.
Collection
Publications
Institution
Title
The major genetic determinants of HIV-1 control affect HLA class I peptide presentation.
Journal
Science (new York, N.y.)
Author(s)
Pereyra F., Pereyra F., Jia X., McLaren P.J., Telenti A., de Bakker P.I., Walker B.D., Ripke S., Brumme C.J., Pulit S.L., Carrington M., Kadie C.M., Carlson J.M., Heckerman D., Graham R.R., Plenge R.M., Deeks S.G., Gianniny L., Crawford G., Sullivan J., Gonzalez E., Davies L., Camargo A., Moore J.M., Beattie N., Gupta S., Crenshaw A., Burtt N.P., Guiducci C., Gupta N., Gao X., Qi Y., Yuki Y., Piechocka-Trocha A., Cutrell E., Rosenberg R., Moss K.L., Lemay P., O'Leary J., Schaefer T., Verma P., Toth I., Block B., Baker B., Rothchild A., Lian J., Proudfoot J., Alvino D.M., Vine S., Addo M.M., Allen T.M., Altfeld M., Henn M.R., Le Gall S., Streeck H., Haas D.W., Kuritzkes D.R., Robbins G.K., Shafer R.W., Gulick R.M., Shikuma C.M., Haubrich R., Riddler S., Sax P.E., Daar E.S., Ribaudo H.J., Agan B., Agarwal S., Ahern R.L., Allen B.L., Altidor S., Altschuler E.L., Ambardar S., Anastos K., Anderson B., Anderson V., Andrady U., Antoniskis D., Bangsberg D., Barbaro D., Barrie W., Bartczak J., Barton S., Basden P., Basgoz N., Bazner S., Bellos N.C., Benson A.M., Berger J., Bernard N.F., Bernard A.M., Birch C., Bodner S.J., Bolan R.K., Boudreaux E.T., Bradley M., Braun J.F., Brndjar J.E., Brown S.J., Brown K., Brown S.T., Burack J., Bush L.M., Cafaro V., Campbell O., Campbell J., Carlson R.H., Carmichael J.K., Casey K.K., Cavacuiti C., Celestin G., Chambers S.T., Chez N., Chirch L.M., Cimoch P.J., Cohen D., Cohn L.E., Conway B., Cooper D.A., Cornelson B., Cox D.T., Cristofano M.V., Cuchural G., Czartoski J.L., Dahman J.M., Daly J.S., Davis B.T., Davis K., Davod S.M., DeJesus E., Dietz C.A., Dunham E., Dunn M.E., Ellerin T.B., Eron J.J., Fangman J.J., Farel C.E., Ferlazzo H., Fidler S., Fleenor-Ford A., Frankel R., Freedberg K.A., French N.K., Fuchs J.D., Fuller J.D., Gaberman J., Gallant J.E., Gandhi R.T., Garcia E., Garmon D., Gathe J.C., Gaultier C.R., Gebre W., Gilman F.D., Gilson I., Goepfert P.A., Gottlieb M.S., Goulston C., Groger R.K., Gurley T.D., Haber S., Hardwicke R., Hardy W.D., Harrigan P.R., Hawkins T.N., Heath S., Hecht F.M., Henry W.K., Hladek M., Hoffman R.P., Horton J.M., Hsu R.K., Huhn G.D., Hunt P., Hupert M.J., Illeman M.L., Jaeger H., Jellinger R.M., John M., Johnson J.A., Johnson K.L., Johnson H., Johnson K., Joly J., Jordan W.C., Kauffman C.A., Khanlou H., Killian R.K., Kim A.Y., Kim D.D., Kinder C.A., Kirchner J.T., Kogelman L., Kojic E.M., Korthuis P.T., Kurisu W., Kwon D.S., LaMar M., Lampiris H., Lanzafame M., Lederman M.M., Lee D.M., Lee J.M., Lee M.J., Lee E.T., Lemoine J., Levy J.A., Llibre J.M., Liguori M.A., Little S.J., Liu A.Y., Lopez A.J., Loutfy M.R., Loy D., Mohammed D.Y., Man A., Mansour M.K., Marconi V.C., Markowitz M., Marques R., Martin J.N., Martin H.L., Mayer K.H., McElrath M.J., McGhee T.A., McGovern B.H., McGowan K., McIntyre D., Mcleod G.X., Menezes P., Mesa G., Metroka C.E., Meyer-Olson D., Miller A.O., Montgomery K., Mounzer K.C., Nagami E.H., Nagin I., Nahass R.G., Nelson M.O., Nielsen C., Norene D.L., O'Connor D.H., Ojikutu B.O., Okulicz J., Oladehin O.O., Oldfield E.C., Olender S.A., Ostrowski M., Owen W.F., Pae E., Parsonnet J., Pavlatos A.M., Perlmutter A.M., Pierce M.N., Pincus J.M., Pisani L., Price L.J., Proia L., Prokesch R.C., Pujet H.C., Ramgopal M., Rathod A., Rausch M., Ravishankar J., Rhame F.S., Richards C.S., Richman D.D., Rodes B., Rodriguez M., Rose R.C., Rosenberg E.S., Rosenthal D., Ross P.E., Rubin D.S., Rumbaugh E., Saenz L., Salvaggio M.R., Sanchez W.C., Sanjana V.M., Santiago S., Schmidt W., Schuitemaker H., Sestak P.M., Shalit P., Shay W., Shirvani V.N., Silebi V.I., Sizemore J.M., Skolnik P.R., Sokol-Anderson M., Sosman J.M., Stabile P., Stapleton J.T., Starrett S., Stein F., Stellbrink H.J., Sterman F.L., Stone V.E., Stone D.R., Tambussi G., Taplitz R.A., Tedaldi E.M., Telenti A., Theisen W., Torres R., Tosiello L., Tremblay C., Tribble M.A., Trinh P.D., Tsao A., Ueda P., Vaccaro A., Valadas E., Vanig T.J., Vecino I., Vega V.M., Veikley W., Wade B.H., Walworth C., Wanidworanun C., Ward D.J., Warner D.A., Weber R.D., Webster D., Weis S., Wheeler D.A., White D.J., Wilkins E., Winston A., Wlodaver C.G., van't Wout A., Wright D.P., Yang O.O., Yurdin D.L., Zabukovic B.W., Zachary K.C., Zeeman B., Zhao M.
Working group(s)
International HIV Controllers Study
ISSN
1095-9203 (Electronic)
ISSN-L
0036-8075
Publication state
Published
Issued date
2010
Peer-reviewed
Oui
Volume
330
Number
6010
Pages
1551-1557
Language
english
Notes
Publication types: Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, N.I.H., Intramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't Publication Status: ppublish
Abstract
Infectious and inflammatory diseases have repeatedly shown strong genetic associations within the major histocompatibility complex (MHC); however, the basis for these associations remains elusive. To define host genetic effects on the outcome of a chronic viral infection, we performed genome-wide association analysis in a multiethnic cohort of HIV-1 controllers and progressors, and we analyzed the effects of individual amino acids within the classical human leukocyte antigen (HLA) proteins. We identified >300 genome-wide significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs) within the MHC and none elsewhere. Specific amino acids in the HLA-B peptide binding groove, as well as an independent HLA-C effect, explain the SNP associations and reconcile both protective and risk HLA alleles. These results implicate the nature of the HLA-viral peptide interaction as the major factor modulating durable control of HIV infection.
Keywords
African Americans/genetics, Alleles, Amino Acids/physiology, Antigen Presentation, CD8-Positive T-Lymphocytes/immunology, Cohort Studies, Disease Progression, European Continental Ancestry Group/genetics, Genes, MHC Class I, Genome-Wide Association Study, HIV Antigens/immunology, HIV Infections/ethnology, HIV Infections/genetics, HIV Long-Term Survivors, HIV-1/immunology, HLA-A Antigens/chemistry, HLA-A Antigens/genetics, HLA-B Antigens/chemistry, HLA-B Antigens/genetics, HLA-C Antigens/chemistry, HLA-C Antigens/genetics, Haplotypes, Hispanic Americans/genetics, Humans, Immunity, Innate, Logistic Models, Models, Molecular, Polymorphism, Single Nucleotide, Protein Conformation, Viral Load
Pubmed
Web of science
Open Access
Yes
Create date
09/09/2011 18:54
Last modification date
20/08/2019 14:38
Usage data